运用从头算分子动力学模拟高温耦合爆轰压力条件下α-RDX的分解机理(英文) 

运用从头算分子动力学模拟了α-黑索今(RDX)晶体在高温(3000K)耦合爆轰压力(34.5GPa)下的初始和随后的分解机理。采用两种范德瓦尔斯修的修正方法(PBE-G06和PBE-TS)环境条件下对RDX的晶体结构进行了优化。结果表明,PBE-TS非常合适优化RDX。RDX分解中,C—H键均裂引发α-RDX分解。态密...
《含能材料》  2018年 第06期 下载次数(76)| 被引次数()

运用代数法的事件驱动分子动力学模拟 

分子动力学模拟是随着计算机技术发展而兴起的一种科学计算方法,在基于事件驱动的椭球分子动力学模拟中碰撞检测是一个核心计算问题。为提高基于事件驱动的分子动力学模拟的效率,提出利用代数法计算椭球分子间的碰撞时间,通过椭球分子膨胀形成包围域,并使用代数法建立最近邻居列表。模拟实验结果表明,该算法的计算效率明显提高,特别是该算法...
《计算机科学与探索》  2013年 第05期 下载次数(71)| 被引次数(0)

分子动力学与从头分子动力学分子马达kinesin催化核心的研究 

生命在于运动,生命世界大多数形式的运动是通过很小的蛋白机器来驱动,这种机器称为分子马达。这些分子马达沿着细胞质中运动轨道,转运广泛的物质,驱动细胞的移动,促使细胞的分裂,分子马达的缺陷可以引起严重的疾病甚至导致个体死亡。分子马达中的kinesin(驱动蛋白)以ATP为能量来源,沿着微管运动。虽然对ki...
河北工业大学  硕士论文  2007年 下载次数(401)| 被引次数(4)

香豆素与十二烷基磺酸根共组装水滑石超分子体系的分子模拟利用共插层方法将荧光染料和表面活性剂共组装于二维层状材料可有效改善染料分子在层状材料中的分散性和均一性,从而提高客体分子的固态发光效率[1,2]。本工作采用分子动力学方法(MD)[3]模拟了具有光活性的香豆素-3-羧酸 

利用共插层方法将荧光染料和表面活性剂共组装于二维层状材料可有效改善染料分子在层状材料中的分散性和均一性,从而提高客体分子的固态发光效率[1,2]。本工作采用分子动力学方法(MD)[3]模拟了具有光活性的香豆素-3-羧酸根阴离子(C3C)和十二烷基磺酸根阴离子(DDS)共插层镁铝水滑
中国化学会第28届学术年会第13分会场摘要集  2012-04-13 下载次数(136)| 被引次数(0)

高性能大规模分子动力学的前沿进展——近35年生物体系的分子动力学模拟研究回顾 

对近35年来数值模拟方法,特别是经典分子动力学方法和相关的优先采样技术在生物体系研究中的应用作了回顾.由于生物体系研究对象的特点是体系空间尺度大且细胞机制时间跨度长,因此所涉及的结构生物学和生物物理学方面的研究构成了分子动力学模拟的最大挑战.从生物学的角度对分子动力学的基本理论、算法发展以及在生物体系中的应用进行综述,...
《化学学报》  2013年 第02期 下载次数(2469)| 被引次数(37)

并行化光滑分子动力学方法及其与分子动力学的耦合 

提出光滑分子动力学方法(SMD)的并行化计算方法,编制光滑分子动力学以及光滑分子动力学-分子动力学(SMD-MD)耦合的并行程序,并分析铜纳米单晶的单向拉伸和带裂纹板的拉伸问题.光滑分子动力学在分子动力学基础上引入背景网格,在背景网格点上求解运动方程,由此将控制MD临界时间步长的因素化为背景网格单元尺寸,扩大可用的时间...
《计算物理》  2008年 第06期 下载次数(171)| 被引次数(4)

利用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟探究HIF-1α和p300之间的相互作用 

组蛋白乙酰转移酶p300(Histone acetyltransferase p300)简称p300,是由人类p300基因编码的酶。主要用过其乙酰转移酶的功能,来调节染色体重塑进而达到调控基因转录的目的。p300在调节细胞增殖、分裂和分化的过程中起着重要作用,且p300对人类出生前后的正常发育起至关重要的作用。低氧诱导...
吉林大学  硕士论文  2019年 下载次数(60)| 被引次数()

分子动力学-光滑分子动力学自适应耦合方法 

提出了MD-SMD自适应耦合方法。自适应耦合方法采用多时间步积分方案,充分发挥了SMD方法时间步长大、MD方法对局部原子乱序描述准确的优势。提出了基于中心对称数(CSP)、原子位移、原子力的多种自适应准则。对自适应耦合方法及准则进行了验证。
中国力学大会-2015论文摘要集  2015-08-16 下载次数(10)| 被引次数(0)

纳米力学问题的交替光滑分子动力学-分子动力学计算方法 

分子动力学(MD)是纳米力学问题研究中广泛采用的数值模拟方法,但其能采用的时间步长有限,严重限制了其适用的时间尺度。光滑分子动力学(SMD)方法借鉴无网格物质点法的思想,在分子动力学中引入背景网格,将原子运动方程映射到背景网格节点上求解。SMD方法中时间步长的控制因素转化为背景网格间距,从而可以在保证整体精度的同时,采...
中国计算力学大会2014暨第三届钱令希计算力学奖颁奖大会…  2014-08-10 下载次数(37)| 被引次数(0)

核糖核酸酶Sa表面水和尿素分子的分布和动力学行为的分子动力学模拟 

利用分子动力学模拟研究了在不同尿素浓度下,核糖核酸酶Sa(RNase Sa)表面水和尿素分子的分布和动力学行为。结果表明,尿素分子可与RNase Sa酶形成较强的相互作用,并取代其表面的水分子而富集在蛋白质表面。尿素分子更倾向与RNase Sa酶的疏水残基作用,与RNase Sa酶主链形成氢键的能力更强。尿素分子的平动...
《应用化学》  2018年 第10期 下载次数(52)| 被引次数(1)

脱木素反应的分子动力学研究(Ⅰ) 动力学参数的分子特征及其估算 

应用拉曼光谱研究了硫酸盐制浆过程的脱木素反应动力学。鉴于木素在拉曼光谱中的分子特征峰出现在~ 1 60 0cm- 1 和~ 1 657cm- 1 位置 ,而这两个峰的高度可代表浆中木素的残余量。据此 ,脱木素动力学的参数 ,比如反应速率常数K和反应活化能Ea可以被得出。对一个等温连续硫酸盐制浆过程的研究发现 ,常规分析...
《中国造纸学报》  2002年 第02期 下载次数(107)| 被引次数(6)

基于增强采样分子动力学模拟的蛋白质和小分子相互作用热力学和动力学研究 

蛋白质和小分子相互作用的热力学(结合自由能ΔGbind和平衡解离常数KD)是表征一个药物小分子与其靶蛋白结合稳定性的重要依据,也是评价一个药物小分子与其靶蛋白亲和力大小的重要指标。而近些年来逐渐受到重视的蛋白质和小分子之间的结合动力学(解离速率常数koff和滞留时间)与药物小分子的药效和毒性等药代动力学性质密切相关,所...
兰州大学  博士论文  2017年 下载次数(527)| 被引次数()

利用多重表象的量子动力学/分子动力学方法研究液相下三个不同尺度分子体系的反应 

液相下,反应分子在溶剂分子中碰撞或振动会发生一系列的化学反应。由于溶液闭锁效应及牢笼效应的存在,导致液相下的反应原理与气相下迥然不同。鉴于液相体系过大的计算量,一般的研究方法为分子动力学方法或连续介质近似,这些方法或者无法描述化学键的形成与断裂,或者计算精度较低。本文将首次使用显式(explicit)溶剂模型(SPC/...
山东师范大学  硕士论文  2015年 下载次数(74)| 被引次数(1)

分子动力学模拟研究离子液体中水分子的光谱和动力学 

采用分子动力学模拟的方法研究了水分子在[Emim+]R(R:[PF6]-,[BF4]-,[NO3]-,[CF3COO]-,[CF3SO3]-)离子液体中的红外光谱及取向动力学。研究发现在不同的离子液体中水分子以自由分子
中国化学会第26届学术年会理论化学方法和应用分会场论文…  2008-07-01 下载次数(80)| 被引次数(0)

分子力学和分子动力学方法研究不同变质程度烟煤的分子结构 

采用分子力学和分子动力学模拟方法 ,研究了不同变质程度烟煤的三维分子构型和能量参数。结果表明 :随变质程度的增加 ,煤分子内平行的芳香片层结构增大。不同变质程度烟煤分子在团聚前后的成键相互作用能仅略有变化 ,其中扭转能Et 的变化相对较为显著 ,并且扭转能随煤阶的增加呈逐渐减小的趋势。非成键作用能 ,特别是超过三个原子...
《燃料化学学报》  2000年 第05期 下载次数(519)| 被引次数(46)

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